1978年12月，黎原从兰州军区副司令调任基建工程兵第一副主任。从职务上看，这算是平级调动，但从工作性质来看，更像是一种转业安排。很多人对基建工程兵不太了解，常常误以为它就是普通的工程兵。
其实，基建工程兵是在1966年三线建设时期成立的。当时三线建设任务非常繁重，要求施工质量和进度都要达标。但现实情况是施工企业队伍老化、调动困难，如果按照传统企业管理，很难完成任务。因此，建立一支按照军队序列管理的施工队显得非常必要，这支队伍就是基建工程兵。可以把它理解为大型的国家工程施工队。成立之初，基建工程兵没有单独的兵种领导机构，而是由国家建设委员会暂时负责领导。1978年1月，正式成立了基建工程兵兵部，级别相当于大军区。这支部队承担着全国各地重点基础建设项目，任务分布在全国各省市。 基建工程兵自成立以来，既受到军队的领导，也归国务院管理。在兵部成立之前，李人林作为国家建委副主任负责基建工程兵事务。兵部成立后，李人林担任首任主任，谷牧兼任政委，黎原被调任为第一副主任。黎原和李人林以前有上下级关系，并且与谷牧也相熟。1951年，李人林被调任47军政委，当时黎原是下辖师长。黎原自入伍编入359旅后一直没有离开这支部队，尽管部队经历多次变化。47军曾赴朝鲜作战，黎原在战争中表现突出，后来升任副军长。1960年离开47军五年后，他重新回到原部担任军长。两人工作接触频繁，关系一向不错。李人林调往地方工作后，仍会趁出差看望老部队，黎原也常去探访，二人的关系总体友好。但在具体管理上，他们存在不少分歧，这也影响了合作。黎原认为基建工程兵既然属于军队序列，就应按军队管理；李人林则认为，虽然隶属军队，但基建工程兵任务繁重，长时间忙碌后还要严格军事化管理不现实。此外，部队还承担自负盈亏任务，因此不能完全按军队模式运作。两人的争议核心在于：这支队伍是以工为主，还是以兵为主。显然，它是以工为主，但采用军队管理模式，这就很特殊。在干部提拔问题上，黎原和李人林的看法也不同。黎原认为李人林办事不按规章，存在越级提拔现象，他曾向谷牧反映此事。谷牧虽然是政委，但只是兼职，主要工作不在基建工程兵。黎原反映情况后，双方在工作上产生了更多隔阂。黎原回忆说，最初与李人林合作不错，但随着时间推移，分歧逐渐加深。到了1981年，矛盾几乎无法调和。李人林利用黎原早前写的一篇文章借题发挥，指其存在政治问题，还拉帮结派，导致黎原被迫辞去十二大代表资格。黎原认为，自己是上一届候补委员，本应有资格成为十二大代表候选人，却被撤销，他保留个人意见，并要求上级调查给出结论。 1982年，黎原未能再次成为人大代表，当时大会规定，未当选代表者也不再是委员或候补委员候选人。同一年，军队精简改革，基建工程兵被撤销，大多数干部因年轻化号召而离休。
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